Το Τμήμα Ναυτικών Ειδικών Επιχειρήσεων έχει χωριστεί σε δύο μεγάλες Ομάδες οι οποίες εκπαιδεύονται σε όλα τα αντικείμενα αμφίβιων επιχειρήσεων.